Chúng được dự định để sử dụng trên những chiếc tàu ngầm I-400, một loại tàu ngầm tải trọng 4500 tấn còn được biết như là "tàu sân bay ngầm". Hai đến ba chiếc máy bay sẽ được chứa dưới dạng các phần tháo rời, và sẽ được phóng lên bằng máy phóng. Cặp phao nổi có thể được vứt bỏ, và chiếc máy bay được hiểu như là phải hạ cánh xuống biển sau khi hoàn thành phi vụ.

Một phiên bản với bộ càng đáp thay vì các phao nổi được phát triển với tên gọi M6A1-K Nanzan (南山, "Nam Sơn"). Trong khi hầu hết đều mô tả chúng như một phiên bản huấn luyện đặt căn cứ trên đất liền, một số nguồn cho rằng nó được thiết kế cho vai trò tấn công, được phóng từ tàu ngầm và hạ cánh trên đất liền. Bên cạnh khác biệt về bộ càng đáp, phần trên của cánh đuôi đứng, vốn được xếp lại được trên phiên bản Seiran, bị tháo bỏ.